El Instituto Interamericano de Tecnología y Ciencias del Agua antes Centro Interamericano de Recursos del Agua ha ofrecido, desde 1993, ofrece la Maestría en Ciencias del Agua. Con base en la experiencia acumulada en estos años, y teniendo en cuenta los lineamientos que las diversas entidades educativas se han planteado en relación con los programas de posgrado, se ha realizado una cuarta reestructuración del Programa de Maestría como parte de un proceso de mejoramiento, actualización e innovación permanente; lo anterior para adaptar la formación recibida por los estudiantes a los retos y necesidades de la sociedad así como mantener la calidad del programa en los estándares de excelencia y reconocimiento nacional e internacional. Esta reestructuración fue iniciada con la activa participación de los diferentes integrantes del Programa y desarrollándose en el marco de las actividades del Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC) de la Secretaría de Educación Pública. Cabe mencionar que, desde su creación, el programa de estudios formó parte de los padrones de posgrado de calidad de la Secretaría de Educación Publica (SEP), al inicio en el Padrón de Posgrados de Excelencia hasta el 2001, posteriormente del Programa Integral de Fortalecimiento del Posgrado (PIFOP) 2005. Así mismo, desde 1998 es parte de los programas de posgrado de excelencia del Programa Hidrológico Internacional de la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura (PHI-UNESCO) desde 2006 se encuentra inscrito en el PNPC del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT).